Trò chơi bắt đầu với cuộc giải cứu con tin tại một trong những Đại Kim tự tháp Giza. Sau đó người ta phát hiện ra rằng những kẻ khủng bố liên quan thuộc Mặt trận Nhân dân Vũ trang (Armed People's Front, viết tắt APF), một nhóm phản đối sự can dự của phương Tây ở Trung Đông và đang lên kế hoạch tấn công các phe phái phương Tây ở Ai Cập. Biệt đội Delta thu giữ các kho chứa vũ khí tại một địa điểm khai quật ở Tây Ai Cập và dẫn đến việc bắt giữ thủ lĩnh của APF, Meinhard Kreider, trong một cuộc đột kích vào pháo đài của hắn.

Sau vụ bắt giữ Kreider, mặt trận khủng bố New Dawn được Nikogos Fazekas tiết lộ, kẻ đang có ý định đưa Kreider ra khỏi nhà tù NATO. New Dawn và tàn dư của lực lượng APF dẫn đầu một cuộc tấn công vào một mỏ dầu Địa Trung Hải nhưng bị biệt đội Delta chặn lại. Phe New Dawn thực hiện một số cuộc tấn công vào phương Tây, từ bắt con tin trong tàn tích của người Maya đến cất giấu vũ khí và ma túy ở Liban và Indonesia. Một sĩ quan spetsnaz bị bắt làm con tin ở Liban được Biệt đội Delta giải cứu trong một khu nhà được bảo vệ nghiêm ngặt. Sau đó biệt đội tiêu hủy lô hàng ma túy ở Indonesia. Một cơ sở huấn luyện New Dawn bị vô hiệu hóa trong một cuộc phục kích ở Biển Banda. Sau đó, người đứng đầu Ngân hàng Thế giới được giải cứu trong một saiguden của Nhật Bản. Cuối cùng, cả nhóm cùng nhau giải cứu đại sứ Mỹ tại Mexico trong Khu Di tích Palenque và ngăn chặn việc vận chuyển một quả bom phóng xạ từ Yucatan đến Los Angeles. Tuy nhiên, một quả bom phóng xạ khác đã chuyển đến một trung tâm giam giữ bị bỏ hoang ở gần Ciudad Juarez, nhưng đã bị các thành viên Lực lượng Delta là Snakebite và Pitbull chiếm giữ kịp thời.

Kreider sau cùng được đặc nhiệm NATO phóng thích trong một âm mưu nhằm dồn Fazekas vào chân tường. Kreider bị bắt trên đường tới Colombia và Fazekas bị theo dõi đến Đảo Phục Sinh, rồi bị giết trong một mê cung đường hầm dưới lòng đất. APF và New Dawn tan rã sau cái chết của Fazekas và Kreider bị bắt trở lại.